1890-tal. Den sjuklige, snart medelålders Johan Rydström, som har försökt sig på en livsbana som kompositör ute i Europa, återkommer till hemlandet och hyser in sig på en kuranstalt i västra Värmland. Han vill också söka upp en lokal spelman som sägs vara invigd i dunkla traditioner. Senromantikern Rydström brottas med en alltomfattande musikalisk vision som knyter ihop människa och natur - i sitt sökande efter folkmusikens källa hamnade han några år tidigare vid en annan, än mera avsides hälsokälla, hos en koloni av backstusittare i Fasaskogarna i Kilsbergen. Där förflöt en lång, regnig höst. Där hörde han talas om spelmannen. Och där fanns Sara Lisa.
Johan Rydströms öden och fantasier, hans förstumning och slutliga kärlekssaga, utgör det större mittstycket i denna roman, uppbyggd som ett ”förvandlingsaltare” med dörrar innanför dörrar. Han flankeras av andra gestalter ur nordiskt 1890-tal och sekelskifte: Bruno Liljefors och hans elev skridskovärldsmästaren Gustaf Fjæstad; Gustaf Fröding och hans syster Cecilia som uppsöker Nietzsches syster i Weimar; till slut också en ung anarkist och konstnär som har strandsatts i Barcelona genom första världskrigets utbrott. I storindustrins nya samhälle trevar konsten, spöklikt, eller också klarsynt, i långa jugendslingor efter mänsklig hemortsrätt.
Vattenorgeln (1993) bildar tillsammans med Bikungskupan (1982) och Vägen till Gondwana (2004) trilogin Vattnets bok.