Jenny kommer hem till Öland och upptäcker att huset är tomt. Har maken Thomas och sonen Hugo, 14 månader, försvunnit frivilligt eller inte? Hanna Duncker vid Kalmarpolisen kastas in i en utredning som blottlägger många hemligheter. En vuxen dotter är inte det enda Thomas har dolt för sin fru. När Thomas påträffas död sluter hela ön upp för att hitta lilla Hugo innan det är för sent.
Hannas arbete försvåras av kampen med det förflutna. Vad hände egentligen för 16 år sedan, när hennes pappa dömdes för mord? Någon tar till allt grövre medel för att hon inte ska få reda på sanningen. Skuggliljan är andra delen i Ölandsbrotten, en deckarserie om att leva i skuggan av brott och att inte kunna klippa banden till sin hembygd.